FSL 是甚么?
全称: FMRIBs Software Library – FMRIB 是 英国剑桥大学脑机能核磁共振光学服务中心,FSL 则是她们合作开发的一个应用领域软件库。 – 由 Stephen Smith 副教授合作开发,正式发布于 2000年 – 适用作于大部份作业系统 – 用作内部结构 MRI、机能 MRI(各项任务、牵张)、蔓延 MRI的预测 – MRI, CT统计数据的后处置和预测 – MRI, CT统计数据的查阅
具体内容地,可以分成下列4类机能
前四个机能都是特别针对某一科学研究群体的,但其它里头的小辅助工具适宜处置MRI,CT等影像,便携性十分强。
FSL 的应用领域总括
1. 拆分之–神经系统影像抽取/去骨头
一般扫描器的神经系统影像包涵十分多的组织,总的上看
除神经系统部之外,还包括眼部,骨头,兴奋点,鼻子,喉腔等解剖学内部结构,那些内部结构会负面影响她们对神经系统的预测。因而,期望对脑部和非脑部展开手动拆分。
这儿就能加进bet机能,该操作过程能叫 [去骨/脑组织机构抽取]
从图上上看,操作方式也是比较简单,句指示就搞掂了。相片上有深蓝色和粉红色地区是抽取出的脑部。
2. 拆分之–组织机构拆分
前述中,她们而已把脑部从影像里拆分出,再进一步,她们能对脑其本质展开拆分,拆分出神经纤维(WM),间质(GM)和边缘系统(CSF)。
该各项任务就相等于是对神经系统部展开四类拆分。
这儿就能加进FAST机能。
3. 配准
配准机能也是十分强悍,内置了很多个标准空间。
这儿使用的机能 FLIRT:线性变换, FNIRT:非线性变换
但,无论是拆分还是配准,都有局限性:只对 MRI 脑统计数据有作用,因为FSL 本身是脑影像统计数据处置应用领域软件。
那她们不做 MRI 脑统计数据,这个辅助工具还能干甚么呢?
下列简单如是说一些通用机能:
4. 使用FSLeyes查阅影像
该辅助工具有点类似 PS 辅助工具,能叠加好几个图层展开显示。比如底层是原始影像,上面一层是拆分结果。
该机能推荐程度:⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️ 以后会详细如是说FSLeyes的使用。这儿做一个简单了解。
5. Fslutils 辅助工具包
FSLUTILS 是一组有用的指示行实用程序,允许预测和 Nifti 格式统计数据集展开转换、处置等。能同时处置 3D 和 4D 统计数据。对于那些程序中的每一个,只需键入程序名称即可获得使用帮助。
列举几个常用指示:
– fslcpgeom – 将标题信息的某些部分(影像尺寸、体素尺寸、体素尺寸单位字符串、影像方向/)从一个影像复制到另一个影像
– fslinfo – 报告 Nifti 统计数据的头文件信息
– fslmaths – 简单但机能强悍的程序,允许对影像展开数学处置
– fslmerge – 合并多个影像文件
– fslroi – 从影像中抽取感兴趣地区 (ROI)
– fslslice – 将 3D 文件拆分成许多 2D 文件(沿 z 轴)
– fslsplit – 将一个 4D 文件拆分成许多 3D 文件 – fslorient – 报告影像的采集方向信息
以上而已对 FSL 的一个简单如是说,FSL 常用辅助工具的入门很容易。但要使用 FSL 展开神经影像的预测会有难度。
如果想要更好的学习,提供下列几个链接,读者可自学。
FSL 实用链接
1. [FSL 官网](FSL – FslWiki)
2. [FSLeyes 详细如是说](Overview – FSLeyes 1.3.0 documentation)
3. [FSL培训课程(2019)](FSL Course)
如果你觉得这个机能实用,欢迎阅读下次安装教程~~
能。